医院有国家教育部重点学科2个(肿瘤学、病理学)、国家临床重点专科3个(肿瘤科、病理科、中西医结合科),卫生部临床重点学科3个(乳腺癌、放射治疗、病理学)、教育部创新团队1个(乳腺癌的基础和临床研究)、上海市临床医学中心3个(肿瘤学、肿瘤放射治疗、乳腺癌)、上海市重中之重临床医学中心1个(上海市恶性肿瘤临床医学中心)、上海市重中之重临床重点学科1个(胸外科)、上海卫生重点学科1个(病理学)、上海市临床重点专科项目5个(肿瘤学、病理学、放射治疗学、妇科肿瘤学、胸部肿瘤学),同时也是上海市病理质控中心、放射治疗质控中心、肿瘤化疗质控中心和上海市抗癌协会挂靠单位。设有国家食品药品监督管理局认定的国家药物临床试验机构,拥有上海市乳腺肿瘤重点实验室、上海市分子影像探针工程技术研究中心和上海市胰腺肿瘤研究所,以及复旦大学肿瘤研究所、复旦大学病理研究所、复旦大学乳腺癌研究所、复旦大学胰腺癌研究所、复旦大学大肠癌诊治中心、复旦大学鼻咽癌诊治中心、复旦大学前列腺肿瘤诊治研究中心、复旦大学甲状腺肿瘤诊治研究中心、复旦大学附属肿瘤医院肺癌防治中心、复旦大学生物医学影像研究中心、复旦大学附属肿瘤医院恶性黑色素瘤防治中心等科研机构,成立王红阳院士工作站,新建复旦大学附属肿瘤医院精准肿瘤中心,继续推进由国家疑难病症诊治能力提升工程项目。主办《中国癌症杂志》、《肿瘤影像学》、英文版《Journal of Radiation Oncology》3本学术期刊,以及《抗癌》科普杂志。同时,医院以肿瘤优势学科为依托,与第三方合作创办了一本英文学术期刊《Precision Cancer Medicine》,努力打造肿瘤精准医学期刊的高地。