医院坚持“科教兴院”战略,拥有国家中医药管理局中医药科研三级实验室——临床细胞分子生物学实验室、国家药物临床实验基地(获认定8个专业)、中华中医药学会临床药师培训基地、深圳市民生重点实验室——针灸现代应用研究实验室、深圳市医院中药制剂研究重点实验室、3个市医管中心医学科技创新平台,入选国家中医药传承创新工程备选项目。在研课题160余项,医院牵头承担“十一五”、“十二五”、“十三五”科技重大专项各1项;国家自然科学基金科研课题30余项,获得国家省市科技进步奖30余项。医院先后成为广州中医药大学博士后科研流动站研究基地,广东省和深圳市“博士后创新实践基地”、“广东省联合培养研究生示范基地”、国家“博士后科研工作站”、国家住院医师规范化培训主基地,现有19位博士生导师、63位硕士生导师,有36个临床教研室,已形成博士、硕士、本科多层次的教学体系。在对外交流方面,医院先后与美国Thomas Jefferson 大学、德国Medical Park康复医院建立协作关系,与香港中文大学中医学院、香港浸会大学中医学院、香港执业中医师学会、香港中医学会会立中医学院、香港国际针灸学院等建立了固定的教学协作及学术交流关系;20多个专业学术团体挂靠医院成立。