第二军医大学长征医院是一所集医疗、教学、科研为一体的综合性三级甲等医院。设有业务科室47个，临床科室35个，辅诊科室12个，临床教研室20个，有博士授权学科28个，硕士授权学科33个，为临床博士后流动站。医院有10个国家重点学科，4个全军医学研究所，6个全军医学专科技术中心，2个上海市医学领先专临床室，国家药品临床研究基地，军队药品临床研究基地。

医院学科门类齐全，特色突出，颈椎病、手部功能重建、关节置换、颅脑外伤及肿瘤、肾移植、整形美容、创伤急救、临床免疫、皮肤真菌病、心脏疾病、介入治疗、哮喘综合治疗等均已形成医院特色，并在国内外有一定影响。全军骨科研究所、泌尿外科中心、神经外科中心、急救医学中心、临床免疫中心、上海市神经外科研究所亦设在该院。

医院医疗设备齐全，拥有全身CT、磁共振成像仪( MRI)、数字减影仪（DSA）、核素扫描仪( ECT)等。高达34层的现代化大楼，内设中央空调，集门诊、病房、教学、科研、餐饮、娱乐于一体，其综合功能为全国各医院之首。

医院技术力量雄厚，现有高级职称专业技术人员244名，其中中国工程院院士1名，“国家千人计划”、“长江学者特聘教授”各1名，“国家杰青”3名，在职三级以上教授11名，享受国务院颁发的政府特殊津贴人员47名，6人被总政治部和国家人事部批准为有突出贡献的中青年专家。共40余人获得国家“百千万人才计划”、上海市“百人计划”、“曙光计划”、“科技启明星计划”、“领军人才”。10余人次评为上海市“十大科技精英”、“十大杰出青年”、“十佳医师”、“十佳护师”。7人为总后勤部科技银星、科技新星。11人荣获上海市青年医务人员最高荣誉奖“银蛇奖”。担任国际、国内学术组织重要职务505个。

医院拥有38层现代化病房大楼，楼顶有可起降直升机的停机坪。有医疗仪器设备6500多台（件），其中核磁共振成像仪（MRI）、数字减影血管造影机（DSA）、64排多排螺旋CT、核素扫描仪、彩色多普勒超声仪、碎石机等大型医疗仪器100多台，总价值5亿多元。拥有国际先进的全净化手术室、层流病房和重症监护中心。医院有先进的网络信息系统和远程会诊中心，形成院前急救——院内急救——ICU病房的立体急救和战时急救体系，具有24小时救治大批量伤员能力。

全院人员始终履行“姓军为战、姓军为兵”历史使命，牢记“救死扶伤、服务军民”宗旨和“立德惟长、技卓以征”院训，大力弘扬“艰苦奋斗、爱民奉献、团结和谐、勇创一流”的“长征精神”。医院先后被评为全国“双拥模范单位”、“全国医院文化建设先进单位”、上海市卫生系统“医院文化建设十佳单位”；涌现出了“模范军医”吕士才、全国先进典型孔宪涛、肾内科血液透析中心、全国“三八红旗手”、全国“优秀青年卫士”、全国卫生系统“巾帼建功标兵”、全军“优秀共产党员”、总后“学习成才标兵”、上海“十大杰出青年”、“新长征突击手”等一批英模人物和先进集体。