医院坚持“强专科、精综合”学科发展战略，形成符合传染病诊疗需要的全疾病谱学科链条，构建了以军事医学学科为统领，以肝病、肿瘤、中医药学科为特色，以医技和综合学科为支撑的学科群，拥有5个国家临床重点专科军队建设项目，4个国家和军队临床示范基地，2个全军研究所。拥有中国科学院院士王福生、国家973计划项目首席科学家肖小河、国家百千万人才工程专家赵景民以及南丁格尔奖章获得者王新华等一大批优秀人才。近五年来，承担省部以上科研课题268项，产出包括3个国家科技进步二等奖在内的省部级以上科技成果41项，发表SCI论文333篇，获得专利79项，出版专著65部，研发药品和制剂16种。

医院认真履行姓军为兵根本职责，广泛开展军人诊区一站式服务，认真践行“军人住院零待床、检查用药零审批、看病治疗零收费、服务质量零投诉”的服务承诺，军队伤病员满意率连续10年保持100%。定期组织专家医疗队深入部队送医送药，用心帮扶13所部队医院，5次被评为“全军为部队服务先进单位”

医院始终以使命任务为牵引，出色完成抗洪抢险、抗击非典、抗震救灾、支援奥运、防控甲流等任务，赴海地、巴基斯坦、菲律宾执行灾后医疗救助以及援助非洲抗击埃博拉疫情等任务，参加“和谐使命—2010、2011、2013”、首都联合防空作战演习、“联合行动—2015B”跨区机动联合实兵演练等重大任务。

医院待患如亲，持续开展精准扶贫、对口支援西部等活动，派出专家医疗队深入老少边穷地区送医送药送技术，积极帮扶全国近70家技术协作医院。深入北京社区街道开展“健康社区行，服务为人民”大型义诊活动，以实际行动反哺人民的养育之恩。医院被评为“拥政爱民先进单位”“支援新农村建设先进单位”“军队医院支援西部地区医院工作先进单位”。

面对新的形势任务，医院秉承“皇甫精神”“菊梅品格”“素椿勇气”“抗埃斗志”核心价值理念，拓展内涵，融合发展，深入推进政治建院、改革强院、依法治院，努力朝着建设国际一流、国内领先的现代化研究型传染病医院的目标不断迈进。